Za ishranu biljaka i oplemenjivanje zemljišta u organskoj proizvodnji koriste se organska, mineralna i mikrobiološka đubriva. Đubrenje u organskoj poljoprivredi se definiše kao usmereno snabdevanje zemljišta i pravovremeno obezbeđivanje biljaka hranljivim materijama, vodeći računa o njihovim gubicima. Na taj način prednost se daje đubrenju zemljišta, a ne đubrenju gajenog useva. Pravilnim korišćenjem hraniva uspostavlja se plodnost zemljišta na agronomskom i ekonomski prihvatljivom nivou, što je preduslov za uspešnu organsku proizvodnju.
U organskoj biljnoj proizvodnji dozvoljeno je korišćenje sledećih đubriva organskog porekla:
stajsko đubrivo,
osušeno stajsko đubrivo i dehidrisano životinjsko đubrivo,
kompostirani životinjski ekskrementi, uključujući životinjsko đubrivo i kompostirano stajsko đubrivo,
tečni životinjski ekskrementi,
kompostirani ili fermentisani otpadci sa gazdinstva,
treset,
ostaci posle proizvodnje pečuraka,
ostaci uginulih crva i insekata,
guano,
kompostirana ili fermentisana smesa biljnih materija,
proizvodi ili nus-proizvodi životinjskog porekla,
proizvodi i nus-proizvodi biljnog porekla za đubrenje,
morske trave i proizvodi od morskih trava,
strugotina ili drveni ostaci,
kompostirana kora drveta, drveni pepeo.
Ako gazdinstvo ne raspolaže stočnim fondom, dozvoljena je kupovina organskih đubriva sa drugih farmi (tradicionalnih i organskih) na kojima se vrši kontrola, pri kojoj se, pored ostalog, traži potvrda da genetski modifikovani organizmi nisu prisutni u đubrivu. Đubriva poreklom sa intenzivnih sistema su zabranjena.
Korišćenje organskih đubriva kao što su stajnjak, kompost, zelenišno đubrenje, glistenjak, čine oslonac proizvodnje zdravstveno bezbedne hrane, zbog potencijalnih negativnih efekata koje može da izazove nekontrolisana primena mineralnih đubriva. Preduslov uspešne proizvodnje jeste kombinovana biljno-stočarska proizvodnja, jer jedino ona može da obezbedi kruženje hraniva unutar farme, bez velikih inputa sa strane.
U organskoj proizvodnji dozvoljena je upotreba i nekih mineralnih đubriva: mlevene fosfatne stene, aluminijum-kalcijum fosfat, troska, šljaka, sirove kalijumove soli ili kainit, kalijum-sulfat, sa mogućim sadržajem magnezijumovih soli, džibra ili ekstrakti od džibre, kalcijum-karbonat, magnezijum i kalcijum karbonat, magnezijum sulfat, rastvor kalcijum-hlorida, kalcijum-sulfat, industrijski kreč iz proizvoda industrije šećera, industrijski kreč iz proizvoda vakumske soli, elementarni sumpor, natrijum-hlorid, kameno brašno i glina.
Kvalitetno mikrobiološko đubrivo treba da sadrži efektivne vrste i sojeve mikroorganizama koji će aktivirati određeni mikrobiološki proces i obezbediti biljku hranljivim materijama. Ovi mikroorganizmi treba da poseduju dobru sposobnost preživljavanja i prilagođavanja na novu sredinu i specifične uslove u zemljištu i da imaju visoku sposobnost kompeticije sa autohtonim populacijama mikroorganizama.
